L’organisation de la CTRF est  fixée par  Arrêté interministériel du 11 Joumada El Oula correspondant au 28 Mai 2007. 

De type « administratif », la CTRF est l’intermédiaire entre le secteur financier et les assujettis soumis à l’obligation de déclaration, d’une part, et les autorités chargées de l’application de la loi d’autre part.

De par sa vocation de structure de renseignement et eu égard au  mode de collecte des informations qui se fait transitoirement à travers des correspondances écrites (pas d’enquête ni d’intervention sur site de l’assujetti), la CTRF se doit d’être réactive  afin de pouvoir prendre les mesures conservatoires appropriées  aux cas avérés  de blanchiment ou financement du terrorisme (art. 17 - loi 05-01).